Els òrgans de govern de la Fundació són el Patronat, la Junta de Govern i la Gerència.

El Patronat és l'òrgan col·legiat suprem de la Fundació i n'ostenta la seva representació. En l'actualitat, està constituït per seixanta-sis patrons del sector públic i privat del territori, amb una representació del quaranta-vuit per cent pel que fa al primer, i del cinquanta-dos per cent, pel que fa a l'àmbit privat. Es reuneix amb periodicitat anual.

La Junta de Govern està presidida pel màxim representant de l'òrgan polític de gestió comarcal i es convoca amb una periodicitat mensual.

La Gerència haurà d'assistir amb veu però sense vot a totes les reunions dels òrgans de govern, i en serà el seu secretari. L'equip tècnic el formen un total de 9 persones, veure'n la composició.