La Comisión Plenaria, que está integrada por un representante político de cada una de las 12 entidades firmantes, más un representante del Departamento de Trabajo y un secretario (representante de la entidad coordinadora, que es el Consejo Comarcal de la Garrotxa). Los integrantes de esta Comisión tienen la misión de escoger a los representantes del Comité Ejecutivo. Entre sus funciones se encuentran las de aprobar las líneas estratégicas, los objetivos y las acciones del Pacto.

El Comité Ejecutivo, que también está formado por un representante de cada una de las 12 entidades firmantes más un representante del Departamento de Trabajo, es el órgano responsable de la coordinación, implementación y evaluación de las acciones aprobadas por la Comisión Plenaria. Es el encargado de hacer propuestas de actuaciones a la vez que impulsa políticamente el Pacto optimizando los recursos disponibles.

La Comisión Técnica, que es el órgano encargado de velar por el cumplimiento de las líneas estratégicas aprobadas, elevando las propuestas técnicas al Comité Ejecutivo y ejecutando las actuaciones aprobadas..