Los órganos de gobierno de la Fundación son el Patronato, la Junta de Gobierno y la Gerencia.

El Patronato es el órgano colegiado supremo de la Fundación y ostenta su representación. En la actualidad está constituido por sesenta y seis patrones del sector público y privado del territorio, con una representación del cuarenta y ocho por ciento en cuanto al primero, y del cincuenta y dos por ciento, referente al ámbito privado. Se reúne con periodicidad anual.

La Junta de Gobierno está presidida por el máximo representante del órgano político de gestión comarcal y se convoca con una periodicidad mensual.

La Gerencia tendrá que asistir con voz pero sin voto a todas las reuniones de los órganos de gobierno, y será su secretario. El equipo técnico está formado por un total de 9 personas. Ver la composición.